|
| |
|
|
Měření konformačních vlastností nukleových kyselin
Hrazdilová, Ivana ; Renčiuk,, Daniel (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá charakteristikou nejvýznamějších konformací nukleových kyselin. Kromě klasické B-DNA šroubovice popisuje i alternativní konformace A-DNA, Z-DNA, triplexu, nebo také guaninového, či cytozinového kvadruplexu. Dále je zde uveden přehled nejrozšířenějších metod používaných pro určení konkrétní konformace. Mezi metody uvedené v práci patří nukleární magnetická rezonance (NMR), metoda cirkulárního dichroismu (CD), rentgenová krystalografie, výpočetní metody, absorpční spektrofotometrie a její využití při analýze křivek tání. V prostředí MATLAB byl vytvořen algoritmus s grafickým uživatelským rozhraním pro analýzu křivek tání, který uživateli poskytuje termodynamické parametry, jako je mezní teplota a entalpie, určující stabilitu zkoumaného vzorku.
|
|
|
Webový server pro predikci sekundární struktury proteinů
Villem, Lukáš ; Očenášek, Pavel (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tento diplomový projekt se zabývá problematikou predikce sekundární struktury proteinů. Po teoretickém úvodu následuje studie dostupných nástrojů, návrh a implementace webové aplikace, která kombinuje funkcionalitu několika webových nástrojů pro predikci sekundární struktury. Uživatel má možnost volit si počet využitých metod a vložit vybranou sekvenci jako prostý text nebo jako soubor ve standardním formátu. Získáním výsledků z vybraných nástrojů lze data konvertovat na unifikovaný formát, výsledek zobrazit uživateli a nad daty vytvořit vlastní predikci. Výsledná aplikace je testována a vliv jednotlivých nástrojů je upraven s cílem zvýšit úspešnost predikce. Výstupem aplikace je výsledek predikce, který je opět k dispozici jako text nebo soubor ke stažení.
|
|
|
Vyhledávání kvadruplexů v DNA sekvencích
Sečka, Martin ; Lexa, Matej (oponent) ; Martínek, Tomáš (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá vyhledáváním, vizualizací a filtrací sekvencí potenciálně tvořících kvadruplexy v sekvencích DNA. Ve spolupráci s Biofyzikálním ústavem AV ČR byla za tímto účelem vytvořena webová aplikace, která využívá nový algoritmus pro hledání všech možných umístění kvadruplexů v rámci zadané sekvence. Návrh a implementace tohoto algoritmu jsou také součástí této práce.
|
|
|
RNA secondary structure conservation identification module for rPredictor
Pešek, Jan ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Škoda, Petr (oponent)
Porovnávání sekundárních struktur ribozomálních RNA je oblast, která je v současné době otevřeným výzkumným problémem. Tato práce se soustředí na vývoj programu porovnávajícího tzv. vzájemnou zakonzervovanost skupiny sekundárních rRNA struktur. Tento program je začleněn jako nový modul existujícího systému rPredictor, skládajícího se z databáze struktur a algoritmu pro predikci těchto struktur. Práce zahrnuje úvod do problematiky identifikace konzervovanosti sekundárních struktur a shrnuje známé přístupy k tomuto problému. Výsledkem práce je pak samostatně funkční program pro porovnávání konzervovanosti sekundárních struktur a dále nový analytický modul systému rPredictor, v jehož rámci lze pomocí implementovaného programu porovnávat sekundární struktury ze systémové databáze. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Analýza vybraných sekundárních struktur nukleových kyselin
Skružný, Petr ; Mokrejš, Martin (vedoucí práce) ; Drda Morávková, Alena (oponent)
Práce představuje databázi experimentálně ověřených sekundárních struktur nukleových kyselin. Tyto struktury byly čerpány z dostupné odborné literatury. Databáze je anotovaná a struktury jsou analyzovány z hlediska kvality a ukázalo se, že experimentálně získaná data nejsou vždy dostatečná - velice často jich je vzhledem k délce struktury málo a kvalita publikovaných struktur není přesvědčivá. Zároveň práce diskutuje některé problémy se kterými se lze u experimentálně ověřených struktur setkat. Databáze byla dále porovnána s databází RFAM, vůči které přináší i přes svůj malý rozsah 80 nových struktur. Možným využitím databáze všech 166 struktur je testování a optimalizace programů určených k predikci sekundární struktury nukleových kyselin. Práce dále představuje některé možné směry zlepšení kvality obsažených struktur.
|
|
| |
|
| |
|
|
Predikce sekundární struktury proteinu pomocí hlubokých neuronových sítí
Filippi, Michal ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Matzner, Filip (oponent)
Znalost struktury, kterou proteiny zaujímají v prostoru, je klíčovým faktorem při studiu jejich funkce. Experimentální zjištění struktury je ale nákladné a časově náročné, proto jsou velmi populární predikční modely struktury. Nejvýraznějším podproblémem predikce struktury proteinů je predikce lokálního uspořádání sou- sedících aminokyselin určeného vodíkovými vazbami, tzv. sekundární struktury proteinů. Tato práce se zaměřuje na využití hlubokých neuronových sítí v pre- dikci sekundární struktury. Na implementovaném predikčním modelu jsou v rámci této práce testovány různé modifikace sítě, především je pak provedeno srovnání LSTM a GRU paměťových buněk. Dále jsou zkoumány nové metody předzpraco- vání proteinů, a to zrychlení klasické metody výpočtu PSSM a zahrnutí predikce terciární struktury mezi vstupy predikčního modelu. V poslední části práce je ověřována použitelnost vyhlazovacích metod pro modely predikující složitější os- mistavové rozdělení sekundárních struktur. 1
|
|
|
Effects of phosphorylation on 3D conformation of proteins
Tomčalová, Brenda ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Vymětal, Jiří (oponent)
Fosforylace je jedna z nejrozšířenějších proteinových posttranslačních modifikací. Pochopení funkce a regulace fosforylace je významné pro diagnózu a léčbu mnoha onemocnění. Tato práce shrnuje studie analyzující fosforylace pomocí bioinformatických nástrojů na velkých datových souborech. V této práci jsou popsány obecné principy, jak fosforylace ovlivňuje fyzikálně-chemické vlastnosti proteinů. V prvních dvou kapitolách jsou nastíněny evoluční zákonitosti, funkce a regulace proteinových kináz a fosfatáz. Ve třetí kapitole se práce zaměřuje na rozložení fosforylačních míst proteinů napříč různými organizmy (rostlinnými a živočišnými). Poslední kapitola se věnuje shrnutí dnešních poznatků o alosterickém a ortosterickém efektu fosforylace a vlivu fosforylace na 2D a 3D strukturu proteinů.
|
host ::
RSS.